本原，辞海的主要解释是：构成世界万物的始基、根源或元素。（第六版彩图本，133页）本原是根本的元素，是开始、第一因，它反映世界的统一性。譬如，对于物质和精神何者为本原的不同回答，构成哲学中的两个基本派别：唯物主义和唯心主义。唯物主义认为世界的本原是物质；唯心主义认为世界的本原是精神。
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哲学的本原是一种“元”素。元，辞海的主要解释是：①始；第一。如：元旦；元月。《公羊传·隐公元年》：“元年者何？君之始年也。”②天地万物的本原。《春秋繁露·重政》：“元者为万物之本。”③主要；基本。如：元素；元音。④元素：一元论；二元论。（第六版彩图本，2811页）
可见，哲学是一种“元”学，是研究世界或人类（社会）问题的开始、本来、基本的学问，是元理学，这不同于原理学。元理较原理，更加基础和深刻。“元理”，一般的意思是：玄理，奥妙的道理。出自明·张居正《七贤咏·阮步兵》：“从容谢婚媾，沉湎混泥滓。郁彼咏怀言，寄辞蕴元理。”这里用以指比原理更为基本和深入的最初道理。
原理，辞海的解释是：通常指科学的某一领域或部门中具有普遍意义的基本规律。（第六版彩图本，133页）如光速不变原理、相对性原理等。原理一般是科学领域在大量实践基础上通过概括抽象得到的一些规律性的认识。原理是基于原因所获得的理性认识，科学是原理学。
亚里士多德说：“哲学是关于某些原理与原因的知识。”（[希腊]亚里士多德：《形而上学 》，商务印书馆，1996年，第3页）亚里士多德又进一步说：“智慧是有关原因和本原的理性知识，哲学就是关于智慧和本原的理论学科。”（[希腊]亚里士多德：形上学，R.霍普，译，英译本，安阿伯·密歇根大学出版社，1960年，第6-7页；该书中译本名为《形而上学》，吴寿彭译，商务印书馆，1959年，第3-4页）亚里士多德时代，哲学和科学没有彻底区分开来，哲学和科学都是关于原理和原因的学说，但是在亚里士多德看来，哲学是智慧之学，其涉及本原或“元”素，所以较科学更深入一些。
哲学任务就是对现实世界进行元理层面的把握，把多综合为一，“一”就是元理。元理也要清晰表达、系统构造，这样的元理系统才适用于阐释世界或指导实践。哲学是阐明元理，科学是阐述原理、方法和事实。元理与原理的划分并非绝对，实用依据可以是：元理是需要时刻记着即时可用的元初理论，原理是可以查工具书利用的基础理论。如果说，科学探究的是原理或根本原因的话，那么哲学探究的就是元理或彻底（最初）原因。元理可以理解为是特殊的原理，于是哲学也可以理解为是特殊的科学。
亚里士多德在《形而上学》中说：“所有的人都主张，研究最初原因和本原才可称为智慧。”康德在《纯粹理性批判》中说：“知识的合法性基础存在于本原的奠基之中。”老子在《道德经·六十二章》中说：“道者，万物之奥。”他们都认为哲学是关于本原的学说。
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元理和原理，都需要通过理性探究获得。通过追问，既可以获得元理性认识，也可以获得原理性认识，只是层次不同。譬如，和尚尼姑为何不结婚？这一问题的探究深度，可以分别获得原理和元理，从而获得科学知识和哲学知识。这里的和尚、尼姑指的是传统的佛教信徒。
和尚尼姑不结婚的原因不是因为佛教教义、潜心修佛、无私利益或者政府法令，直接原因是不敢结婚，因为他们担心后代的大脑和智力出现异常。根本原因是由于他们善心善行，吃素而不吃荤，通过一代一代的吃素，缺乏维生素B12，导致大脑容量变小，从而影响神经系统正常工作，使后代的智力出现异常。
再往下追究，彻底或本质原因是人类进化火的发明，人类进化的过程表明，荤食对于大脑和智力的发育是至关重要的，火的发明使人类能够将生食变为熟食，特别是有了动物性熟食，这些熟的动物性食物，促进了大脑的发育。
在这个例子中，探究到“吃素而不吃荤”的原因，就可以解决问题了，就是一个科学问题；追问到“人类进化火的发明”的答案，就涉及到本原，就是一个哲学问题了。这个例子说明，哲学比科学具有更根本的特点，科学涉及原理还没有涉及到本原，而哲学是一种特殊的科学，不仅涉及到原理，更重要的是还涉及到元理。
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哲学的功用在于提供方向性，而科学在于应用方法或通过方法解决实际问题。哲学提供的是“道”，科学提供的是“法”。方向和方法相比较，方向更重要。哲学是一切自然科学的理论基础，自然科学是哲学的衍生物。通俗一点理解，如果科学解决的是“知其所以然”的问题，那么哲学解决的就是“知其所以必然”的问题。
哲学的本原性，也表明它是对世界基本问题的研究，它研究的是其他学科的总和，而非个别内容。哲学是广义的科学，不涉及具体，其研究范围是具体科学的广义概念。从这个意义上说，哲学和科学不可互相替代，它们都是人类发展史上重要的文化成果，是人类共同的非物质文化遗产和精神财富。
基于以上分析，我们说，哲学是针对存在的本原学说。如果一门学问不涉及本原探讨，就不是哲学。
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